Každá mince má dvě strany
Kontrolované klinické pokusy dosud nepřinášejí jednoznačné závěry o pozitivních nebo negativních účincích fytoestrogenů. Takové pokusy jsou prováděny řádově na desítkách dobrovolníků/pacientů a s tím souvisí i rozdílné výsledky - jedním z mnoha důvodů, proč jsou často v různých výzkumech naměřeny zcela odlišné koncentrace, je skutečnost, že v řadě případů jsou látkami účinnými v organismu až metabolity fytoestrogenů, které vznikají působením střevní mikroflóry. Např. až dvě třetiny naší populace nemetabolizují izoflavon daidzein na účinnější metabolit equol.
Vazba fytoestrogenů na ER může být také významně ovlivněna interakcemi s rizikovými xenoestrogeny. Toto ovlivnění může mít účinky pro organismus pozitivní, na druhou stranu může některé negativní účinky ještě znásobit.
Poznatky z nedávné doby upozorňují i na negenomové účinky fytoestrogenů na buněčný metabolismus, které mohou být genotoxické, mutagenní nebo podporující proliferaci některých rakovinných buněk.
Ve větších dávkách mohou mít vliv na vývoj dítěte, speciálně na jeho pohlavní zralost (předčasná puberta). Tento jev je nejproblematičtější v období kojeneckém, kdy do těla přechází i fytoestrogeny přes mateřské mléko a hormonální systém dítěte je stále ve vývinu. Opět se ale u jednotlivců setkáme s rozdílnými účinky.